Недалекое будущее. Политическая обстановка в мире накалена до предела из-за крайне неприятного инцидента: в небе над Восточной Европой американской ракетой был сбит авиалайнер, совершавший коммерческий рейс. В результате катастрофы все находившиеся на борту погибли.
В проекте Alpha Protocol игрок получает возможность не только полностью контролировать действия и поведение главного героя, но и определять его отношение к происходящему, что повлияет на развитие событий. Реализованная в игре современная боевая система рассчитана на быстрое принятие решений.