Действие игры происходит в вымышленном городе Liberty City (который также является основным местом действия Grand Theft Auto III и GTA Advance и GTA 4). События игры разворачиваются в 1998 году, за три года до истории Grand Theft Auto III. Тони Киприани (англ. Toni Cipriani) возвращается в город после нескольких лет жизни в тайне, убив члена банды в услугу Дону Сальваторе Леоне (англ. Don Salvatore Leone). В благодарность Сальваторе даёт ему работу. За время прохождения Liberty City Stories игроки выполнят множество заданий от различных персонажей, включая Сальваторе, его жену Марию, Джозефа Даниеля "JD" О’Тула, Винченцо "Lucky" Чилли, и даже старую маму Тони.
